保函一般都是銀行或者相關金融機構（擔保公司）出具的。金融機構（擔保公司）出據的保函，稱為公司保函（商業保函）；銀行出具的保函，稱為銀行保函。
公司保函：開取較為便捷，辦理資料較簡單（中標通知書或合同、擔保協議、反擔保協議），費用較低。但由于其本質為商業信用擔保，所以公信力較低。另外，公司保函大多有很強烈的地域特色，某一地區被承認的擔保公司多是由當地相關部門等批準，因而其出具的保函具有區域作用限制。
銀行保函：
1.保函性質：由于其出具的保函具有專業金融性質、實質擔保的能力更強以及其銀行信用等特點，因而公信力較擔保公司出具的保函更強，所以，在大型工程招標流程中，招標方會在招標文件或中標文件、合同中明確要求投標單位提供銀行保函而非擔保公司保函。
2.辦理要求：銀行保函辦理要求相對公司保函更為嚴格，最基本的要求是被保證方必須在保證銀行方有足夠的授信額度，如果沒有授信額度則需要有不低于被保額度的存款準備，并且該存款在保函有效期內不可被動用。另外，費用較擔保公司保函也更高；辦理手續的周期也相對更長。
由于保函一般都是無條件不可撤銷的保函，一旦受益人認為被保證人履約有瑕疵，受益人只需要向擔保機構寫封信就可以要求保證人支付相關擔保資金，而保證人不能提出任何附加條件，甚至保證人可以向被保證人索賠該資金。因此，一旦出具保函而被受益人索賠，而被保證人又無力支付相關資金，保證人將有很大的風險。所有，擔保方對保函條款的風險審查和被保證人的信譽調查等都要非常重視。